Война с ГИДРОЙ (англ. War on HYDRA) - конфликт между террористической организацией ГИДРА и Мстителями, Щ.И.Т.ом и США, начавшийся после раскрытия существования первой внутри Щ.И.Т.а, а также в других мировых организациях.
Поначалу ГИДРА одерживала верх над Щ.И.Т.ом, поскольку агентство сильно ослабло, его сила представляла лишь тень былого могущества. Лидер собственной ячейки ГИДРЫ Дэниел Уайтхолл использовал это чтобы вернуть себе таинственный обелиск. Однако Щ.И.Т. был искуплён в глазах общественности и с тех пор он с ГИДРОЙ поменялся местами. Террористическая организация потерпела поражение в битве за город Кри и потеряла многих лидеров, включая Уайтхолла и самую верхушку власти: Октавиан Блум, Шейх, Банкир и баронесса. Несмотря на это, Вольфганг фон Штрукер и Лист продолжили свои эксперименты над нелюдями. Но эти труды были сведены на нет так как и ячейка Штрукера была уничтожена Щ.И.Т.ом и Мстителями, что поставило ГИДРУ на грань гибели.
После убийства Альтроном барона фон Штрукера, функционировать остались лишь несколько разрозненных ячеек ГИДРЫ. Их лидеры: Митчелл Карсон, Хейл, Гидеон Малик и Грант Уорд пытались восстановить организацию, но каждый по-своему.